ارزیابی تنوع ژنتیکی و گروه بندی اکوتیپ های مختلف هندوانه با استفاده از نشانگرهای مولکولی SRAP

نویسندگان

دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفتۀ کرمان

چکیده
تعداد 38 توده و رقم مهم هندوانه از مناطق مختلف کشور جمع­ آوری و پس ­از آماده­ سازی خاک، در مزرعۀ تحقیقاتی در قالب طرح بلوک­ های کامل تصادفی با سه تکرار کشت شد. به­ منظور بررسی تنوع ژنتیکی، DNA از برگ استخراج و واکنش زنجیره­ای پلیمراز با استفاده از 14 جفت آغازگر SRAP بهینه شد. تعداد 136 باند چندشکل به ­دست آمد، که جفت آغازگر EM10-Me4 با تعداد نوزده باند و جفت آغازگرهایEM16-Me4 و EM16-Me4 با تعداد هفت باند به ­ترتیب بیشترین و کمترین تعداد باند چندشکل را ایجاد کردند. محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) در این تحقیق بین 20/0 تا 32/0 و میزان تنوع ژنی براساس شاخص نی از 17/0 تا 28/0 به ­دست آمد. تجزیۀ تابع تشخیص خطی فیشر نشان داد که روش UPGMA و با انجام صحت گروه­بندی در حدود 90 درصد، مناسب­تر از دیگر روش­ های تجزیۀ خوشه­ ای است. تجزیۀ خوشه ­ای براساس روش جاکارد توده ­های تحت مطالعه را در پنج گروه مجزا قرار داد. تجزیه به مختصات اصلی نشان می­دهد که مؤلفه­ های اول و دوم 5/92 درصد از تنوع به­ دست ­آمده را توجیه می­ کنند که خود نشان ­دهندۀ توزیع مناسب نشانگرها در کل ژنوم است.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله English

Evaluation of genetic diversity and classification of watermelon (Citrullus lanatus) ecotypes using SRAP molecular markers

نویسندگان English

Maryam Abdoli Nasab
Mehdi Rahimi
Graduate University of Advanced Technology, Kerman,
چکیده English

Thirty eight ecotypes of watermelon were collected from different parts of Iran. After the preparation of the field, these eotypes were cultivated in a completely randomized block design with three replications. In order to invest-igate genetic diversity, genomic DNA samples were extracted from leaves and Polymerase chain reactions were optimized using 14 SRAP primer pairs. One hundred thirty six polymorphic bands were detected, of which the EM10-Me4 was the most abundant primer pair with 19 bands and EM16-Me4 and EM16-Me14 were the least primer pairs with 7 bands. PIC index varied from 0.20 to 0.32 and genetic diversity was 0.17 to 0.28 on the basis of Nei index. Fisher's Linear Detection Analysis showed that the UPGMA method and the grouping accuracy of about 90% are more appropriate than other cluster analysis methods. Cluster analysis, using Jakard method, was performed and the ecotypes studied were classified into five distinct groups. Based on the PCA, the first and second components included 92.5% of the variation, which represents the proper distribution of the markers on the whole genome.

کلیدواژه‌ها English

cluster analysis
genetic diversity
PCR
SRAP

  • تاریخ دریافت 18 خرداد 1405
  • تاریخ انتشار 18 خرداد 1405