fa تعیین ژن‌های hub و microRNAهای مربوط به آن‌ها در سرطان پستان از نوع سه گانه منفی ژنتیک Genetics مقاله پژوهشی Original Article <div style="text-align: justify;"><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">سرطان پستان یکی از شایع‌ترین سرطان‌های دنیا در بین زنان است و سرطان پستان سه گانه منفی یکی از انواع سرطان پستان است. سرطان پستان سه گانه منفی فاقد گیرنده‌های سطح سلولی شایع شامل گیرنده‌های استروژن، پروژسترون و فاکتور رشد اپیدرمی است. </span></span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">هدف این مطالعه بررسی ژن‌های کلیدی <span style="font-size:14px;"><span style="color:#000000;">تغییر</span></span>&nbsp;بیان یافته و </span></span></span><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">miRNA</span></span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">های مربوط به آن‌ها در سرطان پستان سه گانه منفی و پیشنهاد راه‌کارهای درمان مولکولی است. </span></span></span>ابتدا داده‌های ریز آرایه mRNA (<span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">GSE113865</span></span></span>) و&nbsp; miRNA (<a name="_Hlk144897955"><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">GSE154255</span></span></span></a>)<br /> &nbsp;<span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">برای یافتن ژن‌ها و</span></span></span>&nbsp;<span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> </span></span></span>miRNAهای&nbsp;<span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">تغییر بیان یافته از پایگاه </span></span></span>GEO&nbsp;<span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">دریافت و با برنامه </span></span></span>&nbsp;R&nbsp;<span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">بررسی شدند. برهمکنش پروتئین-پروتئین با استفاده از پایگاه STRING&nbsp;و برنامه Cytoscape&nbsp;برای یافتن ژن‌های hub و رتبه آن‌ها&nbsp;بررسی شد.&nbsp;مسیرهای سلولی ژن‌های hub با وبگاه Enrichr و R بررسی شد.&nbsp;در ادامه از پایگاه داده miRDB و miRWalk،&nbsp; &nbsp;که ژن‌های hub را مورد هدف قرار می‌دهند&nbsp;یافت شدند و اشتراک آن‌ها با miRNAهای تغییر بیان یافته بررسی شد. 6 ژن به عنوان ژن‌های hub کلیدی یافت شدند که به طور معنی‌دار دچار افزایش بیان شده بودند.&nbsp;</span></span></span>&nbsp;ژن‌های hub&nbsp;<span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">کلیدی به طور معنی‌داری در میان ژن‌های تنظیمی چرخه سلولی بودند.&nbsp;</span></span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:107%"><span b="" nazanin="" style="font-family:">&nbsp;</span></span></span><br /> <br /> &nbsp;</div> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:150%"><span style="font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:150%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Breast cancer is the most frequently diagnosed cancer in women.</span></span></span> <span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:150%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Triple-negative breast cancer (TNBC) is a kind of breast cancer that does not have any of the receptors that are commonly found in breast cancer. This study aimed to evaluate <a name="_Hlk145441737">differentially expressed genes </a>(DEGs) and their related microRNAs (miRNAs) in TNBC. GSE113865 and GSE154255</span></span></span> <span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:150%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">were selected from GEO database. DEGs and differentially expressed miRNAs between normal and TNBC tissues were identified via GEO2R online tools and R program. STRING was used to construct a protein&ndash;protein interaction (PPI) network of DEGs. The hub genes, obtained using the</span></span></span> <span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:150%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">cytoHubba plugin in Cytoscape. We used R program and Enrichr database to enrichment analysis of hub genes. Then intersection of predicted hub gene&#39;s miRNAs and differentially expressed miRNAs was investigated. UBE2C and SAA1 were the highest upregulated and downregulated genes, respectively. Six main hub genes were identified, including CDC20,</span></span></span> <span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:150%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">DLGAP5, TPX2, UBE2C, TK1, and CDC45. All the mentioned genes were upregulated and enriched in cell cycle progression. Some hub genes such as</span></span></span> <span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:150%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">TPX2, UBE2C, and TK1 were targeted by differentially expressed miRNAs (miR-3679 and miR-4530). In conclusion, knockdown of hub genes could be a targeted therapy for TNBC.&nbsp;</span></span></span></span></span></span><br /> &nbsp; سرطان سینه سه گانه منفی, ژن‌های hub کلیدی, miRNA, چرخه سلولی Triple-negative breast cancer, Major hub genes, Cell cycle, miRNAs 1 11 http://nbr.khu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1572-1&slc_lang=fa&sid=1 Zohreh Jahanafrooz زهره جهان‌افروز zjahanafrooz@yahoo.com 100319475328460011135 100319475328460011135 Yes University of Maragheh, Maragheh, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه مراغه