fa بررسی مقایسه­ ای سه روش استخراج DNA ژنومی از نمونه­ های تازه و گیاکده ­ای برگ بومادران کوتاه دشتی علوم گیاهی Plant Biology مقاله پژوهشی Original Article <span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">استخراج </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> از بافت</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های گیاهی اغلب مشکلاتی را فراهم می</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">سازد. بطورمثال عدم حذف متابولیت</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های ثانویه نظیر ترکیبات فنلی گیاهان معطر و دارویی، باعث بروز خطا در نتایج کاربرد </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> استخراج شده طی آزمایش های مولکولی می</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">شود. بومادران (</span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Achillea wilhelmsii</span></span></span></em><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">)، گیاهی دارویی متعلق به تیره کاسنیان (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Asteraceae</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">) و انحصاری ایران است که اطلاعات کمی در رابطه با ژنوم آن وجود دارد. بدین جهت بهینه</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">سازی روش</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های استخراج برای تهیه </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> با کمیت و کیفیت مناسب ضروری به نظر می</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">رسد. در این مطالعه دو روش سنتی استخراج </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> ژنومی از برگ گیاه بومادران (با استفاده از بافت تازه و گیاکده</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">ای) و یک روش دیگر با استفاده از کیت استخراج تجاری </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MAGNAN_TM</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> مورد مقایسه قرار گرفته است. نتایج نشان داد که استخراج </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> از برگ</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های تازه طبق دستورالعمل </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Khanuja</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> و همکاران (1999) به دلیل افزایش مقدار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> استخراج شده و کاهش آلودگی ترکیبات مزاحم مثل </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">RNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">، پلی</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">ساکاریدها، پروتئین</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">ها و متابولیت</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های ثانوی بهتر از دو روش دیگر بود. ارزیابی کیفیت </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> استخراج شده از نمونه</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">های گیاکده</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">ای نشان داد که علیرغم مقدار بالای </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> (50-10 برابر نسبت به دو روش دیگر)، کیفیت عصاره روی ژل آگارز بخاطر وجود کشیدگی و شکستگی مولکول </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> پایین بود. این امر می</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;">تواند استفاده از عصاره فوق را در آزمایشهای مولکولی با محدودیت روبرو سازد. کاربرد کیت استخراج </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MAGNAN_TM</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> گرچه از نظر کاهش زمان و هزینه استخراج و کاهش آلودگی به پروتئین و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">RNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> مناسب بود، اما نیازمند اصلاح فرایند تخلیص برای گیاه بومادران جهت افزایش کمیت </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b zar;"><span style="font-size:10.0pt;"> حاصل است.</span></span><br /> <br /> &nbsp; <strong><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></strong><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">DNA extraction from plant tissues often causes most problems. For example, unsuccessful removal secondary metabolites during extraction, such as phenolic compounds in aromatic and medicinal plants,</span></span> <span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">cause to some mistakes in result of molecular experiments by using of the extracted DNA. <em>Achillea wilhelmsii</em> is a medicinal plant belong to Asteraceae family and native to Iran, there is little information about genomic data </span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">in</span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> this plant. Therefore, optimizing of the DNA extraction methods for obtaining suitable quality and quantity yield is necessary. In this study, two traditional DNA extraction methods (using fresh and herbarium leaf samples) and commercial DNA kit MAGNAN_TM in Yarrow have been compared. Results showed that DNA extracted from fresh leaves of yarrow according to Khanuja <em>et al.</em> (1999) was better than the other methods which mentioned in this research, because of the increased amount of extracted DNA and reduced harmful compounds such as RNA, polysaccharides, protein and secondary metabolites. To evaluate the quality of extracted DNA from herbarium specimens showed that, in spite of the high yielding DNA (10-50 fold ratio to the other methods), quality of this extract was low on agarose gel because of smear and broken down the molecules. It can be considered as a limitation of the extract in molecular experiments. Procedure of MAGNAN_TM DNA kit was appropriate for reducing time and cost of the extraction as well as low contamination to protein and RNA, but the process needs some modifications for yarrow to increase the amount of extracted DNA.</span></span> استخراج ژنومی, بومادران, پلی فنل ها, نانوذرات مغناطیسی, نمونه خشک Achillea wilhelmsii, genomic DNA extraction, herbarium samples, magnetic nanoparticle, polyphenols 458 465 http://nbr.khu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-177-1&slc_lang=fa&sid=1 Azra Saboora عذرا صبورا saboora@alzahra.ac.ir 10031947532846008816 10031947532846008816 Yes alzahra university دانشگاه الزهرا Maryam Amiri Rad مریم امیری راد m.amirirad.88@gmail.com 10031947532846008817 10031947532846008817 No alzahra university دانشگاه الزهرا Ezat Asgarani عزت عسگرانی asgarani@gmail.com 10031947532846008818 10031947532846008818 No alzahra university دانشگاه الزهرا Tayebeh Radjabian طیبه رجبیان rajabian@shahed.ac.ir 10031947532846008819 10031947532846008819 No shahed university دانشگاه شاهد