Nova Biologica Reperta

fa مطالعۀ آنزیمی و بیوانفورماتیکی باکتری های بومی کوتینازی An enzymatic and bioinformatics study of native cutinase bacteria ژنتیک Genetics مقاله پژوهشی Original Article کوتين پليمري است که از تراکم و اکسيدشدن اسيدهاي چرب در گياهان به وجود آمده و نقش کليدي در حفاظت از گياهان در برابر عوامل بيماريزا ايفا مي کند. کوتيناز يک آنزيم هيدرولازي است که کوتين را تجزيه می کند. هدف اين پژوهش استخراج کوتين سیب قرمز،  بررسی فعالیت باکتری های توليدکنندۀ آنزيم کوتيناز در محیط LB و تحلیل های بیوانفورماتیکی است. بدين منظور، از پوست ميوه سیب قرمز و به کمک بافر اگزالات، کوتين جداسازی شد. سپس سویه های توليدکنندۀ آنزيم که قبلاً جداسازي شده اند، در داخل پليت هاي حاوي محيط کشت کوتين تلقيح داده شدند. پس از کشت اولیه، باکتری ها را در محیط LB کشت داده و به کمک سوبستراي اختصاصي پارانيتروفنول بوتيرات فعاليت کوتينازي نمونه ها سنجيده شد. به منظور انجام تحلیل های بیوانفورماتیکی، توالی جداسازی شده شش نمونۀ باکتریایی تولیدکنندۀ آنزیم کوتیناز در پایگاه های محاسباتی تحلیل شد و درخت فیلوژنتیکی هر توالی تهیه شد. سپس، توالی آنزیمی نمونه های تولیدکنندۀ کوتیناز بررسی و با رسم درخت فیلوژنتیکی میزان شباهت این توالی ها تحلیل شد. نتایج نشان داد که کوتینازهای پروکاریوتی از یوکاریوتی جدا شده اند. در ادامه، توالی ناحیه 16S rDNA این نمونهها به همراه توالی نمونههای جدید، ارزیابی شده و روابط فیلوژنتیکی این گونهها تعیین شد. این تحلیل نشان  داد که توالی جدید در کنار نمونه های باکتریایی قرار می گیرد؛ بنابراین، احتمالاً آنزیم کوتیناز نمونه های شناسایی شده، از نظر ساختار و کارکرد با آنزیم کوتیناز این باکتری ها، ممکن است شباهت زیادی داشته باشد.     Cutin is a polymer that is constructed in plants by the condensation and oxidation of fatty acids and plays a key role in the protection of plants against pathogens. Cutinase is a hydrolase enzyme that breaks down the cutin. The purpose of this study was to extract cutin from red apples with oxalate buffer, cutinase enzyme activity assay in LB culture, and bioinformatic analysis. To attain these purposes the cutinase-producing strains that had previously been isolated were inoculated in culture medium containing cutin. After initial culture, the bacteria were cultured in LB medium and cutinase activity was measured using the p-Nitrophenyl butyrate. In order to execute bioinformatic analysis, the isolated sequences of six cutinase-producing bacteria were analyzed based on computational data bases and their phylogenetic trees were prepared. Then, the similarities in the sequences of a large number of cutinase-producing samples were analyzed by drawing the phylogenetic tree. The results showed the separation of cutinase-producing prokaryotes from cutinase-producing eukaryotes. Then, the sequence of 16S rDNA of these cutinase-producing samples as well as the samples we had prepared were evaluated and their phylogenetic relationships were determined. This analysis showed that the new sequence stood alongside the bacterial samples. Thus, our cutinases may be similar with these bacterial cutinases in structure and function.       آنزیم کوتیناز, , اسپلیت تری فور, اینتروباکتر, درخت فیلوژنتیکی, کلبسیلا cutinase enzyme, enterobacter, Klebsiella, Phylogenetic tree, SplitsTree4 39 49 http://nbr.khu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-151-3&slc_lang=fa&sid=1 Mojtaba Mortazavi مجتبی مرتضوی m.mortazavi@kgut.ac.ir 10031947532846006515 10031947532846006515 Yes گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران Nasrin Parvaresh نسرین پرورش 10031947532846006516 10031947532846006516 No گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران Masoud Torkzadeh مسعود ترکزاده 10031947532846006517 10031947532846006517 No گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران