Nova Biologica Reperta
یافته های نوین در علوم زیستی
NBR
Basic Sciences
http://nbr.khu.ac.ir
1
admin
2423-6330
2476-7115
10.52547/nbr
en
jalali
1394
12
1
gregorian
2016
3
1
2
4
online
1
fulltext
fa
ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysM در ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici
Detection and amplification of LysM effector genes in F. oxysporum f. sp. lycopersici
مقاله پژوهشی
Original Article
<p style="text-align: justify;"> قارچ <span dir="LTR">(<em>FOL</em>)</span> <em><span dir="LTR">Fusarium oxysporum</span></em><span dir="LTR"> f. sp. <em>lycopersici</em> </span> در طی کلونیزه<span dir="LTR">­</span>کردن آوند گیاه گوجه ­فرنگی پروتئین ­های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می­ کند که دستگاه مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می­ کند و سبب بروز بیماری می­ شود. تاکنون 14 پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده ­است که هیچ­یک دومین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ­ های بیمارگر پروتئین­ های اثرگذار حامل دومین <span dir="LTR">LysM</span> جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده ­است. با توجه به کارکرد مهم این دومین در برهم­کنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جست­جو برای شناسایی ژن­ های اثرگذار حامل دومین <span dir="LTR">LysM</span> در قارچ <span dir="LTR">FOL</span> انجام شد. در ابتدا جست­جوی دومین <span dir="LTR">LysM</span> در ژنوم <span dir="LTR">Fol</span> به کمک پایگاه اطلاعاتی<span dir="LTR"> Pfam </span>به شناسایی 17 پروتئین منتج شد که در این بین، با توجه به وزن مولکولی پایین پروتئین­ های اثرگذار و ترشح آنها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نام­های <span dir="LTR">Fol-LysM1</span> و <span dir="LTR">Fol-LysM3</span> جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیش­بینی ساختار ژنی مفروض با <span dir="LTR"> FGENESH+</span>صورت­ گرفت؛ سپس، حضور ساختارهای دومینی و خصوصیات پروتئین­های افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دی­سولفیدی و وزن مولکولی در <span dir="LTR">Fol-LysM1</span> و <span dir="LTR">Fol-LysM3</span> پیش ­بینی شد. در ادامه توالی کدکننده دو پروتئین مزبور در ژنوم <span dir="LTR"> FOL</span>تکثیر و تعیین­ توالی شد و با بقیه پروتئین­ های اثرگذار دارای دومین <span dir="LTR">LysM</span> ازنظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دومین ­ها مقایسه شد. این اولین گزارش از ردیابی ژن­ های اثرگذار دارای دومین <span dir="LTR">LysM</span> در <span dir="LTR">FOL</span> است که توالی <span dir="LTR">Fol-LysM1</span> با شماره دستیابی <span dir="LTR">KU522305</span> در بانک ژن ثبت شد.</p>
<p style="text-align: justify;">During the infection- while the xylem is colonized by the <em>F. oxysporum</em> f. sp. <em>Lycopersici </em>(<em>Fol</em>)- several effector proteins have been secreted into the xylem that suppress the plant’s defense response and enable parasitic colonization. So far, 14 effector proteins have been reported in <em>Fol.</em> However, there are no identified domains in their sequences. LysM effector proteins were identified in some plant pathogenic fungi and involved in sequestering chitin oligosaccharides. Here, considering the role of LysM effector proteins in plant-pathogen interactions, we searched for candidate effector proteins possessed Lysin (LysM) domains in the genome of <em>FOL</em>. Hence, the LysM domain was searched in the WGS data bank of <em>Fol</em> using Pfam tool and 17 proteins were identified. Two proteins, Fol-LysM1 and Fol-LysM3, were selected based on low molecular weight and present of signal peptide in their sequences. Prediction of the gene structures preformed using FGENESH tools and domain structures and effector characters including signal peptide, number and position of cysteine residues, disulfide bond connectivity and molecular weight of proteins were predicted. The entire nucleotide sequences of the coding region of their genes were determined by PCR and phylogeny of lysM effector proteins was studied. Furthermore, the domain organization of these proteins was compared with that of other lysM effector proteins. This is a first report of detection of lysM effector genes in Fol.</p>
پروتئین ترشحی, برهم کنش مولکولی گیاه و بیمارگر, بیماری پژمردگی آوندی
plant-microbe interaction, secreted protein, vascular wilt disease
235
249
http://nbr.khu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2-44&slc_lang=fa&sid=1
Farhad
Shokouhifar
فرهاد
شکوهی فر
shokouhifar@um.ac.ir
10031947532846008728
10031947532846008728
Yes
Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
پژوهشکده علوم گیاهی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
Elahe
Rabiei-Motlagh
الهه
ربیعی مطلق
10031947532846008729
10031947532846008729
No
Plant Pathology Department, College of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad. Mashhad, Iran
گروه گیاه پزشکی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
Nahid
Abbaspour
ناهید
عباس پور
10031947532846008730
10031947532846008730
No
Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
پژوهشکده علوم گیاهی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
Sahba
Toosi
صهبا
طوسی
10031947532846008731
10031947532846008731
No
Research Center for Plant Sciences, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
پژوهشکده علوم گیاهی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد