یافته های نوین در علوم زیستی

چکیده مقدمه: ویروس پالامپور پیچیدگی برگ گوجه‏فرنگی یک بگوموویروس مخرب با ژنوم دو بخشی می‏باشد. با وجود گزارش ToLCPMV از برخی استان‌های ایران، تاکنون اطلاعاتی درباره حضور و تنوع ژنتیکی این ویروس در مزارع و گلخانه‌های خیار استان خوزستان وجود ندارد. ازاین‌رو، هدف این پژوهش ردیابی ToLCPMV و تعیین روابط فیلوژنتیکی جدایه‌های آن در این منطقه می‎باشد.
مواد و روش‎ها: به‎منظور ردیابی و بررسی تنوع ژنتیکی ToLCPMV، در بهار و تابستان 1402 از گیاﻫﺎن مشکوک به آﻟﻮدگی نمونه‏ﺑﺮداری ﺷﺪ. به‎کمک آغازگرهای دژنره اختصاصی بگوموویروس‏های منتقل شونده با سفیدبالک، قطعه‏ای مربوط به ژن پیش‎ساز پروتئین پوششی تکثیر شد. به‎منظور بررسی دقیق‌تر و تأیید ماهیت گونه ویروسی، توالی ژن پروتئین حرکتی ویروس نیز تکثیر و درخت فیلوژنی آن‎ها ترسیم شد. همچنین ماتریس مقایسه توالی‎های نوکلئوتیدی ‏به‎دست آمده همراه با توالی‎های مستخرج از بانک ژن ترسیم شد.
نتایج: تکثیر ژن‎های مورد مطالعه نشان‎دهنده آلودگی به بگوموویروسها در مناطق مورد بررسی بود. تحلیل ترادف‎ها و تعیین روابط خویشاوندی بر اساس دو ناحیه ژنی نشان داد که جدایه‎های اندیمشک، دزفول و شوش در گروه جدایه‌های ایرانی قرار گرفته و بیشترین همسانی ژنتیکی را با جدایههای جیرفت روی میزبان خیار دارند. همچنین ماتریکس مقایسه توالیها، نشان داد که سه جدایه مذکور شباهت زیادی در سطح نوکلئوتیدی دارند و بیشترین شباهت را در سطح توالی نوکلئوتیدی به ترتیب با جدایه FJ660426.1 (خیار، جیرفت با 39/96%)، جدایه FJ660435.1 (خیار، جیرفت با 30/98%) و جدایه OP810507.1 (گوجه فرنگی، عراق با 87/98%) نشان دادند.
نتیجهگیری: این اولین گزارش از شیوع گسترده ToLCPMV در مناطق کشت خیار در استان خوزستان میباشد.

چکیده روابط فیلوژنتیکی بین زیرگونه های Eumeces schneiderii princeps و Eumeces schneiderii pavimentatus با استفاده از 143 جفت باز از توالی ژن 16S میتوکندریایی مورد بررسی قرار گرفت. آنالیزها با استفاده از رویکرد حداکثر احتمال (ML) به کمک نرم افزار RAxML بر روی 12 نمونه جمع آوری شده از حدود 24 منطقه مجزا صورت گرفت. نتایج مطالعات مولکولی ما چهار کالد کامال مجزا و به خوبی حمایت شده ای از لحاظ موقعیت فیلوژنتیکی، تفاوت ژنتیکی و ویژگی های مشخص در مورفولوژی و ویژگی های زیستگاهی آنها تشخیص داد. این کالدها شامل گروه هایی از Scincus (3) Eurylepis (2) Eumeces schneiderii princeps+Eumeces schneideri pavimentatus (1) و Scincopus (4) هستند. همچنین، رابطه فیلوژنتیکی تاکسون ناشناخته Eumeces sp. با کالد Scincus بطور کامل مشخص و آشکار نیست. آنالیزهای فیلوژنتیکی صورت گرفته جنس Eurylepis را در کنار کالدهای حاوی جنس Eumeces قرار نداد. به عالوه، نتایج این آنالیزهای فیلوژنتیکی یک وضعیت مونوفایلتیک را برای گونه Eumeces schneiderii نشان داد.